VCAT5
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概要
基幹研究所先端基盤技術部門生物情報基盤構築チームではこれまでに、ソフトウェアVCATの開発を行ってきた。これは、ボクセルデータに対し、手動あるいは自動で観察対象の領域情報を設定し、その情報をもとに3次元可視化、サーフェス及びボリューメトリックメッシュの生成、定量化等を行うものである。
VCAT5の開発では、このVCATソフトウェアの概念を発展させ、4次元データ (時系列ボクセルデータ) に一般の画像処理アルゴリズムを適用するプラットフォームを実現する。
近年のイメージング技術の発達により、生きた細胞の4次元データが大量に取得されるようになってきた。これらの装置では蛍光観察によって一度に複数波長の画像データを取得できる。VCAT5では、これら4次元、多チャンネルのデータに対し、様々な画像処理アルゴリズムを適用し、ボクセルデータの定量化に貢献する。
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動作環境
VCAT5は以下の環境で動作確認を行っています。
- OS: 64bit版 Windows 10, 11
- GPU: nVidia Geforce series (for Volume Rendering Filter)
操作説明
起動
ダウンロードしたzipファイルを適当な場所に展開し、VCAT5.exeを実行
Menu
- File
- Load 入力TIFF画像の読み込み
- Load Mask マスク画像の読み込み
- Save ボクセルデータをTIFFファイルに保存
- Exit アプリケーションを終了する
- View
- View Center 断面画像の表示位置を初期状態に戻す
- Set BG Color 断面画像の背景色を指定
- Set Window Level 画面表示のウィンドウレベルを指定するダイアログを呼び出す
- Process ボクセルデータに画像処理フィルタを適用する
- Help
- About バージョン情報
時系列データの場合は必要なすべてのファイルを指定する
適用させるフィルタを選択すると必要なパラメータを入力するウィンドウが表示される
フィルタ及び各パラメータの説明はパラメータ入力ウィンドウ左下部のHelpボタンで表示されるドキュメントにある
Section view
- 縦スクロールバー / マウスホイール 表示断面の移動
- 横スクロールバー / Space,Backspaceキー 表示する時相を移動
- マウス左ドラッグ ウィンドウ内の表示画像の移動
- Ctrl + マウスホイール 表示の拡大縮小
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